Muğla, kadim medeniyetlere ev sahipliği yapmış ve her devirde önemini korumuş bir şehirdir. İslam hâkimiyetinden önceki medeniyetler tarafından Karya, İslam hâkimiyeti sonrasında da Menteşe ismini alan bölgenin merkezi konumundaki Muğla'nın ismini nerden aldığı konusu açık değildir. Evliya Çelebi, Seyahatnamesinde Muğla ismi konusunda şunları yazmıştır:
Sene (…) tarihinde büyük bir savaş olmuş ve
Rum keferesinin elinden Menteşe Oğlu Darahikey Veziri Muğlı Bey fethetmiştir. Muğla Kalesi’ni fethettikten sonra ise bu şehrin ismi Muğla diye anılmaya başlanmıştır. Farsça'da 'Muğ' kafir anlamına gelmektedir. Muğlı Bey Müslüman olduktan sonra birçok hizmetler yapmış ve birçok gazaya katılmıştır.[2]
Evliya Çelebi, Muğla isminin kaynağını bu şekilde yazsa da bu bilgiler doğrulanamamıştır. Büyük olasılıkla Muğla ismi, antik çağdaki ismi olan Mobolla'nın bozulmasıyla ortaya çıkmıştır. Mobolla ismi daha sonraki Türk hakimiyeti sırasında 'Mogola' olsa da[3] 1307 (m. 1889) Aydın Vilayeti salnâmesinde ise 'Mobella' olarak belirtilmektedir.[4]
Muğla'da ilk yerleşimlerin ne zaman başladığı hakkında önemli bir bilgi yoktur. Fakat kentin eskiden İç Karya olarak adlandırılan bölgede yer aldığı bilinmektedir. Karya'nın M.Ö.2000'de Hititlerce de bilinen bir medeniyet olduğu göz önüne alınırsa Muğla'da yerleşimin bu tarihlere kadar geriye gittiği söylenebilir. Bazı kaynaklarda da bu bölgeye ilk yerleşenlerin Hititler olduğu yazılıdır. Sırasıyla Frig, Lidya, Pers, Makedon, Bergama Krallığı ve Roma hakimiyetini yaşayan şehir, Menteşe Bey tarafından 1284'de alınmasıyla ilk defa Türk hâkimiyetine girdi. Yıldırım Beyazıd tarafından 1391'de Osmanlı hâkimiyetine giren Muğla'daki bu ilk Osmanlı hakimiyeti geçici olmuş, şehir 1402'de Timur tarafından alınmış ve nihayetinde 1425 yılında 2. Murat devrinde tam anlamıyla Osmanlı devletine bağlanmıştır. Kentin siyasi önemi Osmanlı devrinde daha da artmıştır, çünkü Menteşe Beyliği devrinde bu bölgenin yönetim merkezi Milas iken, Osmanlı devleti bu yeni sancağın yönetim merkezi olarak Muğla'yı seçmiştir. Muğla, Osmanlı devleti dönemi boyunca dışarıya kapalı küçük bir şehir olarak kaldı. 1. Dünya Savaşı'ndan yenik çıkan Osmanlı İmparatorluğu toprakları İtilaf Devletleri tarafından paylaşılınca Muğla 11 Mayıs 1919 tarihinde İtalya tarafından işgal edildi. Anadolu'nun işgali sırasında Muğla'da Kocahan Mitingi düzenlenmiş ve tüm Anadolu şehirleri gibi Muğlanın da bu işgallere direneceği ilan edilmiştir. Bunun üzerine kentte Vatan Müdafaa Cemiyeti, Serdengeçtiler Müfrezesi, Muğla Kuvayi Milliyesi gibi direniş komiteleri kurulmuştur. 1920'de Ankara'da açılan 1. Dönem meclisine 6 milletvekili gönderen kent İtalyanlar'ın kentte fazla etkin olmamasından yararlanarak Menderes boyunca başlayan Yunan işgaline karşı kurulan direniş faaliyetlerine katılmıştır. Tümenden kalanlarla birleşen gönüllüler, Aydın çarpışmalarında düşmana ağır kayıplar verdirmişlerdir. Ege illeri arasında Muğla işgal sırasında en fazla şehit veren il olmuştur. İç durumun karışıklığı, Yunanlılar ve işgal ettiği yörelerde ekonomik egemenlik kurma düşüncesine dayanan İtalyan politikasını Muğla halkı işgal süresince kurnazca değerlendirmiş, iki ateş arasında kalmaktan kurtulmuş. Anadolu'daki durumun kötüye gittiğini anlayan İtalya, 2. İnönü Zaferi kazanıldıktan sonra ülkesindeki iç siyasal dalgalanmalarını öne sürerek 5 Temmuz 1921'de Muğla'dan ayrılmıştır. Cumhuriyetin kurulmasından sonraki idari yapılanmada Muğla ili'nin yönetim merkezi olan şehir, dağlık yapısı ve dışarıya açılan elverişli bağlantı yollarına sahip olmadığından gelişememiştir. Yıllarca sadece il merkezi olmasının verdiği hareketlilikle gelişmeye çalışan Muğla son yıllarda özellikle üniversitenin açılması, yeni sanayi bölgesinin kurulması ve turizm faaliyetlerinin de artmasıyla dışarıya açılmaya ve gelişmeye başlamıştır.
